Boží prozřetelnost si ho vyvolila, aby obnovil evangelního ducha chudoby a pokory. Sepsal pravidla řehole, o jejichž schválení žádal papeže Innocence III., který s odůvodněním, že přesahují lidské síly, je chtěl zamítnout. Následující noci viděl ve snu lateránský chrám, jak se nachyluje k pádu. A viděl muže v oděvu žebráka, v němž poznal Františka, jak tuto budovu podpírá. Porozuměl, a potvrdil řeholi alespoň ústně. Více porozuměl Honorius III., schválil ji r. 1223. Nejvíce porozuměli ti, kteří svým životem nejvíce podepřeli Církev.
Sv. František založil také ženský řád i třetí řád kajícníků žijících ve světě. Dvě léta před koncem života byl stigmatizovaný Kristovými ranami.